Około r. 1820 obok głównego źródła, nad ówczesną Pijalnią, wybudowano maleńką kapliczkę, która przetrwała do r. 1862. Jednak nie wystarczała ona dla napływających gości (mieścił się w niej jedynie kapłan i ministrant), więc w latach 1863-1864 w parku na „Dietlówce” powstała nowa kaplica według projektu Feliksa Księżarskiego, architekta, który wsławił się budową Collegium Novum Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie, projektował również Łazienki w Krynicy. Kościół ten, pw. Przemienienia Pańskiego, został konsekrowany przez ks. Józefa Emanuela Matuzińskiego, proboszcza ze Starego Sącza. Od 1869 r. osiadł przy nim na stałe ks. Ignacy Daniec, pełniąc przez długie lata funkcję kapelana zdrojowego. Ponieważ kościółek był niewielki i nie wystarczał wciąż wzrastającej ilości wiernych, powstał pomysł, by w uzdrowisku wybudować większy i bardziej odpowiedni kościół.
Przy kaplicy, w grudniu 2021 został uroczyście odsłonięty pomnik bł. ks. Prymasa Stefana Wyszyńskiego, który na przestrzeni lat od 1951 do 1978 roku odwiedził Krynicę dziesięciokrotnie.
